Al desaparecer la Confederación surgieron posiciones antagónicas y Bolivia comenzó a vivir un período de hondos conflictos regionales y políticos. Tres caudillos militares, en el curso de dos años (1839-1841), se disputaban el mando presidencial: José Miguel de Velasco en el sur (restaurador), Sebastián Agreda (regenerador) y José Ballivián, que como oriundo de La Paz tenía sus propios planes y ambiciones.
En 1841, Agustín Gamarra, presidente del Perú, invade nuevamente Bolivia. Ballivián es reconocido como presidente y trata de repeler la invasión por medios pacíficos, pero Gamarra no renuncia a su plan de anexar Bolivia al Perú por la fuerza y ocupa La Paz (13-10-1841). Ballivián, con refuerzos de su rival Velasco, organiza la defensa y se enfrenta con el invasor en Ingavi (La Paz 18-11-1841). Tras un cruento combate, la victoria favorece a las armas bolivianas y Gamarra muere en plena acción. El país, con este triunfo, consolida su independencia.
Dibujo - José Ballivián en la Batalla de Ingavi.
Ballivián, dueño de la situación, inicia el denominado "Paseo de los Valientes”. Ingresa al Perú y ocupa militarmente Puno y Moquegua, tratando de apoderarse de Arica. Pero luego, mediante presión chilena, estos territorios vuelven a soberanía peruana. Todo concluye con la firma del Tratado de Acora (7-06-1842).